Créé en janvier 2004, Berryz Kōbō était initialement destiné à être le seul groupe composé de Hello! Project Kids au sein du Hello! Project.

Les membres du groupe devaient être remplacés au fur et à mesure par d'autres membres des H!P Kids mais le concept sera abandonné assez rapidement. D'ailleurs, le seul changement dans la composition du groupe intervient en octobre 2005 lorsqu'Ishimura Maiha quitte le Hello! Project pour poursuivre ses études. Après son départ, le groupe est resté à 7 membres actifs jusqu'au bout.

Le groupe a sorti son premier single « Anata nashi de wa ikite yukenai » (あなたなしでは生きてゆけない) le 3 mars 2004.

En 2009 et 2010, le groupe interprète les génériques de fin de la populaire série anime Inazuma Eleven. À partir de 2011, il sort quelques disques en collaboration avec °C-ute sous l'appellation « Berryz Kōbō x °C-ute » alias « Berikyū » (ベリキュー?), et avec le Hello! Project sous les appellations Bekimasu / Mobekimasu.

Le groupe donne son premier concert en France le 3 juillet 2014, au côté d'un autre groupe du Hello! Project, les °C-ute. Le concert a lieu en marge de l'exposition Japan Expo 2014, dans une salle de concert du festival nommée JE Live House.

Le 2 août 2014, Tsunku annonce durant le concert commun du Hello! Project que Berryz Kōbō suspendra ses activités pour une durée indéterminée à la fin de sa tournée d'automne, après 10 ans de carrière ; ses membres ont en effet décidé de se consacrer à d'autres activités, mais ne souhaitent pas annoncer une séparation définitive.

Le groupe cesse officiellement ses activités le 3 mars 2015, après un dernier concert au Nippon Budōkan. Seule Tsugunaga Momoko reste membre officiel du Hello! Project, en tant que membre spécial du nouveau groupe Country Girls ; Shimizu Saki et Tokunaga Chinami continuent aussi à y travailler mais en tant que membres du staff, conseillères des artistes dont les nouveaux groupes Kobushi Factory et Tsubaki Factory formés sur le même modèle que les Berryz Kōbō. Kumai Yurina annonce de son côté continuer ses études avant de tenter de se lancer dans une carrière de mannequin de mode. En mai 2015, cette dernière et Sudō Maasa sont intégrées au M-line club (ensemble d'anciens artistes du Hello! Project), où elles devraient continuer leurs carrières en solo, toujours avec la compagnie Up-Front.