En 1999, Makoto, batteur du groupe Sharan Q du producteur du Hello!Project Tsunku, en repère les membres chantant dans un restaurant à Waikiki (Hawaii), et convainc Tsunku de les produire. Coconuts Musume fait ses débuts sur l'émission télévisée ASAYAN en juin 1999, à l'origine composé de cinq membres qui ont la particularité d'être des "gaijins", américaines hawaïennes, à part Ayaka Kimura, japonaise: Mika Todd (de mère japonaise), Danielle Delaunay, Chelsea Ching, et April Barbaran. Elle portent leur seul prénom comme nom de scène.

Après avoir sorti deux singles, April et Chelsea quittent le groupe, et un nouveau membre, Lehua Sandbo, se joint au Coconut en janvier 2000. Puis après encore deux singles, c'est au tour de Danielle de quitter le groupe en avril 2001 et le trio restant sort ce qui s'est avéré être leur dernier single en août 2001. Les membres participent aussi aux divers groupes shuffle units temporaires, et Mika rejoint en parallèle le groupe Mini Moni avec lequel elle connait le succès. Des auditions pour recruter un nouveau membre ont lieu à divers endroits aux alentours d'Hawaii durant janvier 2002; cependant ces auditions sont annulées ou échouent, et au lieu de l'arrivée d'un nouveau membre, le groupe devient un duo quand Lehua part à son tour en février 2002.

Le groupe continue de participer aux concerts en commun du H!P, et anime sa propre émission de radio de 2001 à 2004 appelée Kiss the Coconuts!. Il réalise sa dernière performance au printemps 2004 pendant le concert des Morning Musume Concert Tour 2004 Haru The Best of Japan, avant que Mika ne quitte le Japon et le Hello! Project pour retourner étudier en Amérique. Ayaka, le dernier membre restant, poursuit sa carrière en tant que Coconuts Musume no Ayaka, jusqu'à son départ du H!P en 2008 pour se marier, signant la fin officielle du groupe.